O modelo institucional do Museu da Pessoa é de uma OSCIP sem fins lucrativos organizada com uma Assembleia de Sócios, duas diretorias, um Conselho Fiscal, um Conselho Consultivo e um Conselho de Gestão, conforme estatuto anexo.
Após 25 anos de existência, o Museu investiu na reestruturação institucional com a adesão de profissionais de áreas afins a um modelo de governança mais dinâmico, orgânico e efetivo. Foi necessário desdobrar a diretoria em presidência e direção executiva voltada para a gestão operacional e criar uma nova instância (Conselho de Gestão) de apoio à Diretoria. Esta iniciativa tornará a instituição mais sólida e permitirá com que esta inovação brasileira possa cumprir seu papel de desenvolvimento cultural no país e fora dele.